Die ZXR 400 in den Anfängen
Die erste Kawasaki ZXR 400 lief 1989 vom Band und trug die Modellbezeichnung H1. Die Ur-ZXR 400 war in ihren Abmessungen einige Zentimeter kürzer als das Nachfolgemodell und konnte lediglich mit 62 PS bei einem Leergewicht von rund 163 Kg aufwarten. Trotz der "nur" 62 PS brachte die ZXR mehr Drehmoment auf die Rolle als das spätere L-Modell.

Neben dem Standard-Modell gab es auch eine R-Version (Racing) mit der Modellbezeichung J1. Angelehnt an die Racingbikes hatte die R-Variante ein Federbein mit externem Ausgleichsbehälter für schneller Einstellarbeiten am Fahrwerk und einen race-typischen Einmann-Sitzhöcker. Ansonsten ist die R-Version technisch auf dem gleichen Stand geblieben wie das H-Modell.

Modellwechsel der ZXR 400
Ab 1991 kam die "neue" ZXR 400 mit der Modellbezeichung L auf den Markt. Mit dem L-Modell erhielt die ZXR eine gründliche Frischzellenkur und wurde nicht nur optisch sportlicher. Neben geänderter Front- und Heckverkleidung incl. Leuchten, wurden Schwinge, Rahmen und Motor überarbeitet. Das kleine Triebwerk war nun noch drehfreudiger und konnte nun mit 65 PS aufwarten. Durch die geänderte Motorcharakteristik hat jedoch das Drehmoment etwas gelitten, was den Fahrspaß aber nicht beeinträchtigt hat.

Im Laufe der ersten Jahre gab es keine großartigen Weiterentwicklungen; 1992 wurde der rechteckige Scheinwerfer gegen eine trapezförmige Variante ausgetauscht. 1994 erhielt die kleine Ninja eine Vergaserheizung, die bei niedrigen Aussentemperaturen die Warmlaufphase verbessern sollte. Mit Änderung der Abgasgrenzwerte 1997 wurde ein Sekundär-Luftsystem eingeführt um die Abgaswerte nicht zu überschreiten.